Moses - Algorithmische Bioinformatik

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Modul / Version
#40323 / #2

Gültigkeit
SoSe 2023 - WiSe 2024/25

Verfügbare Sprache(n)
English

Titel des Moduls
Algorithmische Bioinformatik

Leistungspunkte
6

Modulverantwortliche*r
Weller, Mathias

Benotung
Benotet

Prüfungsform
Mündliche Prüfung

Lehrsprache(n)
English

Zugehörigkeit

Fakultät
Fakultät IV

Institut
Institut für Softwaretechnik und Theoretische Informatik

Fachgebiet
34351100 FG Algorithmik und Komplexitätstheorie

Prüfungsausschuss
Keine Angabe

Kontakt

Sekretariat
TEL 5-1

Ansprechpartner*in
Thielcke, Christlinde

E-Mail-Adresse
lehre@akt.tu-berlin.de

Webseite

https://www.tu.berlin/en/akt/study-and-teaching/courses

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Die Modulbeschreibung gilt nur für den Zeitraum SoSe 2023 - WiSe 2024/25.

Lernergebnisse

Students who have completed this module have knowledge of the formal modelling of computational tasks in biological data analysis. They are familiar with established combinatorial algorithms, adapt at analyzing their computational complexity, and capable of estimating characteristics of typical inputs. In large parts, this course avoids statistical and probabilistic methods and will not teach pipeline design, database interface, or programming python or R.

Lehrinhalte

Topics include algorithms for: • Genome Assembly and Scaffolding • Sequence comparison/alignment/compression • Genome rearrangement • Haplotyping • Population genetics and phylogenetics • RNA secondary structure prediction

Modulbestandteile

Compulsory area

Die folgenden Veranstaltungen sind für das Modul obligatorisch:

Lehrveranstaltungen	Art	Nummer	Turnus	Sprache	SWS	ISIS	VVZ
Algorithmic Bioinformatics	IV		WiSe/SoSe	Keine Angabe	4

ISIS-Kurssuche nach Veranstaltungen des Moduls

Arbeitsaufwand und Leistungspunkte

Algorithmic Bioinformatics (IV):

Aufwandbeschreibung	Multiplikator	Stunden	Gesamt
Presence in meetings	15.0	4.0h	60.0h
Privat study, including homework and exam preparation	15.0	8.0h	120.0h
			180.0h(~6 LP)

Der Aufwand des Moduls summiert sich zu 180.0 Stunden. Damit umfasst das Modul 6 Leistungspunkte.

Beschreibung der Lehr- und Lernformen

The course material is presented in screencasts containing the lecture content as well as motivational mini-exercises, all of which is made available gradually. Each such lecture is accompanied by a recitation class featuring Q&A, quiz, tutorials, and some non-essential information and examples. Participating actively as well as doing the given homework, which may take the form of distributed work sheets or programming exercises, is required.

Voraussetzungen für die Teilnahme / Prüfung

Wünschenswerte Voraussetzungen für die Teilnahme an den Lehrveranstaltungen:

• basic knowledge of algorithm design and analysis • understanding of NP-completeness and reductions • familiarity with at least one programming language

Verpflichtende Voraussetzungen für die Modulprüfungsanmeldung:

Dieses Modul hat keine Prüfungsvoraussetzungen.

Abschluss des Moduls

Benotung

Benotet

Prüfungsform

Oral exam

Sprache(n)

English

Dauer/Umfang

30 minutes

Prüfungsbeschreibung (Abschluss des Moduls)

Final oral exam determining the grade (MP). As a prerequisite, an active participation in the tutorials with presentation of own solutions of exercises is mandatory.

Dauer des Moduls

Für Belegung und Abschluss des Moduls ist folgende Semesteranzahl veranschlagt:
1 Semester.

Dieses Modul kann in folgenden Semestern begonnen werden:
Winter- und Sommersemester.

Maximale teilnehmende Personen

Dieses Modul ist nicht auf eine Anzahl Studierender begrenzt.

Anmeldeformalitäten

http://www.akt.tu-berlin.de/

Literaturhinweise, Skripte

Skript in Papierform

Verfügbarkeit: nicht verfügbar

Skript in elektronischer Form

Verfügbarkeit: verfügbar

Zusätzliche Informationen:

Literatur

Empfohlene Literatur
Böckenhauer & Bongartz: Algorithmic Aspec ts of Bioinformatics, Springer 2007
Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press 1997
Huson, Rupp, Scornavacca: Phylogenetic Networks Concepts, Algorithms and Applications, 2010
Jones & Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, 2004
Polanski & Kimmel: Bioinformatics, Springer 2007
Semple & Steel, Phylogenetics, 2003

Zugeordnete Studiengänge

Semester:

Zeige auch ausgelaufene Studiengänge und StuPOs

Diese Modulversion wird in folgenden Studiengängen verwendet:

	Studiengang / StuPO	StuPOs	Verwendungen	Erste Verwendung	Letzte Verwendung
Dieses Modul findet in keinem Studiengang Verwendung.

Studierende anderer Studiengänge können dieses Modul ohne Kapazitätsprüfung belegen.

Computer Science Master with focus “Reliable Systems” Computer Science Diploma Computer Engineering Master Technical Computer Science Master with focus “Software Engineering” Technical Computer Science Diploma

Sonstiges

This course is not offered regularly, you will find detailed information on our website: http://www.akt.tu-berlin.de/menue/teaching/