Moses - Algorithmische Bioinformatik

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Modul / Version
#40323 / #2

Gültigkeit
SoSe 2023 - WiSe 2024/25

Verfügbare Sprache(n)
Englisch

Titel des Moduls
Algorithmische Bioinformatik

Leistungspunkte
6

Modulverantwortliche*r
Weller, Mathias

Benotung
Benotet

Prüfungsform
Mündliche Prüfung

Lehrsprache(n)
Englisch

Zugehörigkeit

Fakultät
Fakultät IV

Institut
Institut für Softwaretechnik und Theoretische Informatik

Fachgebiet
34351100 FG Algorithmik und Komplexitätstheorie

Prüfungsausschuss
Keine Angabe

Kontakt

Sekretariat
TEL 5-1

Ansprechpartner*in
Thielcke, Christlinde

E-Mail-Adresse
lehre@akt.tu-berlin.de

Webseite

https://www.tu.berlin/en/akt/study-and-teaching/courses

Diese Modulbeschreibung ist nicht oder nicht vollständig auf deutsch hinterlegt.

Es wird auf Wunsch trotzdem der Inhalt der unvollständigen Spracheversion angezeigt.

Diese Modulbeschreibung gilt nicht im aktuellen Semester.

Die Modulbeschreibung gilt nur für den Zeitraum SoSe 2023 - WiSe 2024/25.

Lernergebnisse

Absolventen dieses Moduls haben Kenntnisse in der formalen Modellierung von Problemen und Fragestellungen der Bioinformatik. Sie sind mit etablierten kombinatorischen Algorithmen vertraut, können diese auf ihre Komplexität hin untersuchen, und sind in der Lage, Eigenschaften typischer Eingaben abzuschätzen. Dieser Kurs vermeidet zu großen Teilen statistische und probabilistische Methoden und ist nicht darauf ausgelegt Pipeline-Design, Datenbankinteraktion oder Programmierung von Python oder R zu lehren.

Lehrinhalte

Es werden Algorithmen in folgenden Themenbereichen behandelt: • Genome Assembly and Scaffolding • Sequence comparison/alignment/compression • Genome rearrangement • Haplotyping • Population genetics and phylogenetics • RNA secondary structure prediction

Modulbestandteile

Pflichtbereich

Die folgenden Veranstaltungen sind für das Modul obligatorisch:

Lehrveranstaltungen	Art	Nummer	Turnus	Sprache	SWS	ISIS	VVZ
Algorithmic Bioinformatics	IV		WiSe/SoSe	Keine Angabe	4

ISIS-Kurssuche nach Veranstaltungen des Moduls

Arbeitsaufwand und Leistungspunkte

Algorithmic Bioinformatics (IV):

Aufwandbeschreibung	Multiplikator	Stunden	Gesamt
Presence in meetings	15.0	4.0h	60.0h
Privat study, including homework and exam preparation	15.0	8.0h	120.0h
			180.0h(~6 LP)

Der Aufwand des Moduls summiert sich zu 180.0 Stunden. Damit umfasst das Modul 6 Leistungspunkte.

Beschreibung der Lehr- und Lernformen

Die Vorlesung wird in Form von Screencasts gegeben, die neben dem Vorlesungsinhalt motivierende Fragestellungen und Denkanstöße enthalten. Die Screencasts werden von Präsenzveranstaltungen begleitet, in denen Q&A, Quiz, Tutorien und weiterführende Informationen und Beispiele besprochen werden. Eine rege Beteiligung und das Lösen der gestellten Hausaufgaben, die die Form von theoretischen Aufgaben sowie Programmieraufgaben annehmen können, wird vorausgesetzt.

Voraussetzungen für die Teilnahme / Prüfung

Wünschenswerte Voraussetzungen für die Teilnahme an den Lehrveranstaltungen:

• Grundlagenwissen über das Design und die Analyse von Algorithmen • Verständnis von NP-Vollständigkeit und Reduktion • Umgang mit mindestens einer Programmiersprache

Verpflichtende Voraussetzungen für die Modulprüfungsanmeldung:

Dieses Modul hat keine Prüfungsvoraussetzungen.

Abschluss des Moduls

Benotung

Benotet

Prüfungsform

Mündliche Prüfung

Sprache(n)

Englisch

Dauer/Umfang

Keine Angabe

Prüfungsbeschreibung (Abschluss des Moduls)

Keine Angabe

Dauer des Moduls

Für Belegung und Abschluss des Moduls ist folgende Semesteranzahl veranschlagt:
1 Semester.

Dieses Modul kann in folgenden Semestern begonnen werden:
Winter- und Sommersemester.

Maximale teilnehmende Personen

Dieses Modul ist nicht auf eine Anzahl Studierender begrenzt.

Anmeldeformalitäten

http://www.akt.tu-berlin.de/

Literaturhinweise, Skripte

Skript in Papierform

Verfügbarkeit: nicht verfügbar

Skript in elektronischer Form

Verfügbarkeit: verfügbar

Literatur

Empfohlene Literatur
Böckenhauer & Bongartz: Algorithmic Aspec ts of Bioinformatics, Springer 2007
Dan Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences, Cambridge University Press 1997
Huson, Rupp, Scornavacca: Phylogenetic Networks Concepts, Algorithms and Applications, 2010
Jones & Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, 2004
Polanski & Kimmel: Bioinformatics, Springer 2007
Semple & Steel, Phylogenetics, 2003

Zugeordnete Studiengänge

Semester:

Zeige auch ausgelaufene Studiengänge und StuPOs

Diese Modulversion wird in folgenden Studiengängen verwendet:

	Studiengang / StuPO	StuPOs	Verwendungen	Erste Verwendung	Letzte Verwendung
Dieses Modul findet in keinem Studiengang Verwendung.

Studierende anderer Studiengänge können dieses Modul ohne Kapazitätsprüfung belegen.

Keine Angabe

Sonstiges

Dieser Kurs wird unregelmäßig angeboten. Näheres dazu auf der Website des Lehrstuhls: http://www.akt.tu-berlin.de/menue/teaching/