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#20871 / #1

Seit SoSe 2024

Deutsch

Synthetische Biologie und Enzym-Engineering

6

Höhne, Matthias

benotet

Mündliche Prüfung

Zugehörigkeit


Fakultät II

Institut für Chemie

Keine Angabe

Keine Angabe

Kontakt


L 1

Höhne, Matthias

matthias.hoehne@tu-berlin.de

Keine Angabe

Lernergebnisse

Die Studierenden verfügen über ein Verständnis der Grundlagen der Synthetischen Biologie und des Enzym-Engineerings. Dazu zählen Einsatzmöglichkeiten, Anwendungsbeispiele, und Techniken zur Erzeugung maßgeschneiderter Enzyme und Ganzzellorganismen. Sie haben an einem aktuellen, forschungsnahen Beispiel die praktischen Schritte nachvollzogen, wie verbesserte Enzymvarianten für ein gegebenes Zielmolekül generiert und gefunden werden. Die Auswahl der Enzymreaktion orientiert sich an laufenden Forschungsarbeiten des Fachgebiets Biokatalyse und zeigt damit beispielhaft die Relevanz des Enzym-Engineerings für aktuelle synthetische Fragestellungen zur nachhaltigen Herstellung pharmazeutischer Wirkstoffe. Die Studierenden können Enzym-Substrat-Komplexe mittels Strukturmodellen analysieren und Hypothesen aufstellen, welche Aminosäurepositionen Reaktionsspezifität, Substrat- und Stereoselektivität beeinflussen. Sie kennen Methoden für Zufalls-basierte und ortsspezifische Mutagenese und können Laborprotokolle für PCR-basierte Methoden selbstständig erstellen und durchführen. Sie verfügen über Grundlagenwissen zur Durchmusterung von Variantenbibliotheken und dem Screening in Mikrotiterplatten oder mittels Selektion, können einen fluorimetrischen oder photometrischen Screening-Assay methodisch entwickeln und praktisch durchführen. Dazu gehört das Kultivieren von Zellen in Mikrotiterplatten und das Sequenzieren der codierenden Gene, um Mutationen festzustellen. Sie haben gelernt, auf welche Randbedingungen geachtet und welche Kontrollen einbezogen werden müssen, um gültige Schlussfolgerungen abzuleiten, wie die Rohdaten der Assay-Experimente mathematisch ausgewertet werden und können ihre berechneten Ergebnisse auf Genauigkeit und Präzession hin beurteilen. Den Studierenden sind die wissenschaftlichen Leistungen von Forscherinnen und Forschern bekannt, die die Grundlagen für die im Rahmen der Lehrveranstaltung behandelten wissenschaftlichen Konzepte geschaffen haben.

Lehrinhalte

Die Synthetische Biologie ermöglicht das gezielte Design von Ganzzell-Organismen, welche für verschiedene wissenschaftliche oder chemisch-synthetische Fragestellungen eingesetzt werden. Die hierbei involvierten Proteine müssen oft mittels Enzym-Engineering (Mutation und Finden verbesserter Varianten) optimiert werden, um so den Spielraum der neu erzeugten Biokatalysatoren maßgeblich zu erweitern, was z. B. für ihre Anwendung in der chemischen Industrie oft eine Voraussetzung ist. Das Modul besteht aus drei Veranstaltungen, welche folgende Inhalte abdecken: Die Vorlesung „Synthetische Biologie und Enzym-Engineering“ vermittelt die wichtigsten Grundlagen und Methoden zum Thema Design von Ganzzellbiokatalysatoren, Protein-Engineering, Methodenspektrum für Mutagenese, Screening und Selektion. Dies inkludiert auch die Datenauswertung von Hochdurchsatz-Experimenten, wie Absorptions- und Fluoreszenz-Assays in Mikrotiterplatten mit statistischen Tools. Das Blockpraktikum „Protein-Engineering“ wird exemplarisch die wichtigsten Schritte des Protein-Engineerings in logischer Reihenfolge abbilden und damit für die Studierenden praktisch nachvollziehbar machen. Für eine Enzymreaktion wird eine Mutagenese geplant, durchgeführt, Varianten durchmustert und charakterisiert. Im Seminar „Protein-Engineering“ werden die Mutagenese- und Screening-Experimente des Praktikums im Voraus geplant und allgemeine Kenntnisse zur Experimentalplanung und Auswertung vermittelt. Dadurch sind die Studierenden in die Ausarbeitung der Praktikumsversuche involviert.

Modulbestandteile

Pflichtgruppe:

Die folgenden Veranstaltungen sind für das Modul obligatorisch:

LehrveranstaltungenArtNummerTurnusSpracheSWSVZ
Synthetische Biologie und Enzym-EngineeringVL3235 L 8280SoSeDeutsch2
Enzym-EngineeringSEM3235 L 8281SoSeDeutsch1
Enzym-EngineeringPR3235 L 8282SoSeDeutsch4

Arbeitsaufwand und Leistungspunkte

Synthetische Biologie und Enzym-Engineering (VL):

AufwandbeschreibungMultiplikatorStundenGesamt
Präsenzzeit15.02.0h30.0h
Vor-/Nachbereitung15.02.0h30.0h
60.0h(~2 LP)

Enzym-Engineering (SEM):

AufwandbeschreibungMultiplikatorStundenGesamt
Präsenzzeit15.01.0h15.0h
Vor-/Nachbereitung15.01.0h15.0h
30.0h(~1 LP)

Enzym-Engineering (PR):

AufwandbeschreibungMultiplikatorStundenGesamt
Präsenzzeit15.04.0h60.0h
Vor-/Nachbereitung15.02.0h30.0h
90.0h(~3 LP)
Der Aufwand des Moduls summiert sich zu 180.0 Stunden. Damit umfasst das Modul 6 Leistungspunkte.

Beschreibung der Lehr- und Lernformen

Die Präsenzzeit der Vorlesung und des Seminars wird jeweils zu 50 % genutzt als (i) Vermittlung fachlichen Hintergrund- und Methodenwissens, (ii) 25 % Gruppenarbeit und Diskussion zu konkreten Fragestellungen, (iii) 25 % zur Besprechung und Diskussion der erzielten Ergebnisse der Arbeitsphasen. Das Seminar wird mit der Bearbeitung einer Hausaufgabe abgeschlossen, welche für die Teilnahme am Praktikum bestanden werden muss. Die Präsenzzeit des Praktikums wird zu 75 % genutzt zur Durchführung der Experimente und 25 % zur Vor- und Nachbesprechung in der Gruppe. Die erfolgreiche Teilnahme am Praktikum ist mit einem Protokoll zu dokumentieren.

Voraussetzungen für die Teilnahme / Prüfung

Wünschenswerte Voraussetzungen für die Teilnahme an den Lehrveranstaltungen:

Wünschenswert ist der Besuch der Module Biologische Chemie 1 und Biologische Chemie 2, v. a. des biologisch-chemischen Grundlagenpraktikums. Hilfreich ist auch der Besuch des Moduls „Biokatalyse in der Wirkstoffherstellung“.

Verpflichtende Voraussetzungen für die Modulprüfungsanmeldung:

1. Voraussetzung
Leistungsnachweis Synthetische Biologie und Enzym-Engineering

Abschluss des Moduls

Benotung

benotet

Prüfungsform

Mündliche Prüfung

Sprache

Deutsch/Englisch

Dauer/Umfang

Nach Abschluss der drei Lehrveranstaltungen findet eine mündliche, benotete Prüfung (Umfang: 30 min pro Studierenden)statt. Die mündliche Prüfung kann auch als Gruppenprüfung abgelegt werden.

Dauer des Moduls

Für Belegung und Abschluss des Moduls ist folgende Semesteranzahl veranschlagt:
1 Semester.

Dieses Modul kann in folgenden Semestern begonnen werden:
Sommersemester.

Maximale teilnehmende Personen

Die maximale Teilnehmerzahl beträgt 12.

Anmeldeformalitäten

Die Registrierung wird auf der Homepage bekannt gegeben (Sekretariat). Die Anmeldung zur Modulprüfung erfolgt über die zentrale Online-Prüfungsverwaltung.

Literaturhinweise, Skripte

Skript in Papierform

Verfügbarkeit:  nicht verfügbar

 

Skript in elektronischer Form

Verfügbarkeit:  nicht verfügbar

 

Literatur

Empfohlene Literatur
Fachliteratur wird nach Bedarf während des Semesters zur Verfügung gestellt, bzw. ggf. werden Literatur-Recherchen durchgeführt.

Zugeordnete Studiengänge


Diese Modulversion wird in folgenden Studiengängen verwendet:

Studiengang / StuPOStuPOsVerwendungenErste VerwendungLetzte Verwendung
Biologische Chemie (M. Sc.)11SoSe 2024SoSe 2024
Chemie (M. Sc.)13SoSe 2024SoSe 2024
Modul im Wahlpflichtbereich des M.Sc. Biologische Chemie und M.Sc. Chemie.

Sonstiges

Um den Leistungsnachweis abzuschließen, muss zunächst die Seminarhausaufgabe bestanden werden. Zum Abschluss des sich anschließenden Praktikums muss ein testiertes Protokoll vorliegen. Die Voraussetzungen für das Testat werden vor dem Praktikum besprochen. Das Blockpraktikum findet vorzugsweise in der vorlesungsfreien Zeit im Sommersemester statt.